中国农业大学构建目前国际最大的鸡肠道微生物参考基因组和基因集合

中国农业大学动物科技学院胡永飞教授团队在《Communications Biology》杂志上发表了题为“metagenome-assembled genomes and gene catalog from the chicken gut microbiome aid in deciphering antibiotic resistomes”的研究论文。该研究通过整合鸡肠道微生物宏基因组数据，构建了国际上最大的鸡肠道微生物参考基因组和基因集合。研究通过对功能基因的挖掘，阐释了鸡肠道微生物在碳水化合降解、细菌耐药等方面的特点，为鸡肠道微生物的研究提供了重要的基础数据和资源。该研究对来自中国和欧洲共十个国家的799个鸡肠道微生物宏基因组数据进行了整合分析。组装获得了12339个菌株水平的高质量细菌/古菌参考基因组，这些基因组涵盖了1978个微生物物种。通过物种注释和数据比对，从中发现893个可能的新种和38个可能的新属。通过对物种的分布规律研究发现，鸡肠道中最普遍存在的细菌物种是鸟乳杆菌和卷曲乳杆菌。在基因组组装的基础上，研究进一步构建了一个含有1660万个非冗余基因的鸡肠道微生物参考基因集。研究整合得到的参考基因组和基因集合数据存储于中国科学院微生物研究所国家微生物科学数据中心（https://nmdc.cn/icrggc/），供公开获取和下载使用。